高压微射流均质机应用于细胞破碎过程中应注意以下方面：
一、不要过度预混合引入气泡
使用涡旋混合器或者高速剪切机很同意将空气吸入细胞悬浮液中，从而影响破碎结果。温和的搅拌确保细胞悬浮就可以。确保冷却浴在此过程中冷阱温度降到所需温度，比如乙二醇-4°等，并根据需要进行改变。
处理细胞破碎时，可以直接使用没有APM的Z型腔体。将处理压力与单元格的类型相匹配。对应推荐使用压力和腔体类型，见表4和表5。细菌细胞的韧性差异显著。革兰氏阴性细胞，如大肠杆菌，是最常用的，而且很容易被打破。革兰氏阳性细胞更难处理，应该像酵母或藻类一样处理。
二、尽量不要过度处理
运行推荐的工艺压力，并以不同的通过次数取样。不要过度处理。过多的通道会导致更高程度的破裂，但同时蛋白质活性也会因过多的能量输入/热量产生而恶化。过度处理也可能使下游的过滤和移液更加困难。
如果细胞从冷冻的溶液中重新解冻，这时需要确保完全解冻。或者当细胞浓度过高时（在这种情况下，如果可能的话，用更多的缓冲液稀释）。这样可以避免冰渣或者大量细胞聚集产生大颗粒影响处理过程。

对于酵母细胞，要注意避免使细胞应激。在加入缓冲悬液之前，避免将酵母细胞加热到干燥，因为这会使坚硬的细胞壁更加坚硬。

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