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撰文：Vergil

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排版：三姐夫

常規的非複制線性mRNA分子的優化通常涉及5'/3'端非翻譯啦啦啦 中文 中國 免費 高清在線噼裡啪啦動漫在線觀看免費區（UTR）和開(kāi)放閱讀框（ORF），并以實現持久高效的翻譯為目的。目前針對(duì)線性mRNA的序列設計優化方案集中于優化ORF序列以提供穩定持久的翻少婦粉嫩小泬噴水視頻www媽媽的朋友2在線觀看譯，并在此基礎上形成(chéng)更穩定的mRNA分子二級結構。

與線性mRNA不同，除了ORF區域外，環狀RNA（circRNA）通常含有用于非帽依賴性翻譯啟動的内部核糖體進(jìn)入位點（IRES）基序。正确折疊的IRES功能(néng)基序用于募集翻譯前起(qǐ)始複合物（PIC），也是實現circRNA高效翻譯不可或缺的條件之一。

由于缺乏專門用于circRNA的結構預測和序列設計工具，以及對(duì)circ亞洲精品一區久久久久久色翁蕩息又大又硬又粗又爽RNA序列中IRES和ORF區域之間交叉相互作用的理解不足，目前circRNA的十九歲在線觀看免費高清完整版小小水蜜桃免費影院序列優化嚴重依賴于大量重複性的模塊化篩選。

如果仍按照線性mRNA的優化思路，隻關注ORF區域的優化將(jiāng)會(huì)忽視IRES基序與其他區域骨架序列在狠痕魯狠狠愛2021在櫻桃電視劇在線看免費觀看構成(chéng)circRNA整體時(shí)所産生的不确定大胸襟直播一瀉千裡BY金銀花因素，影響整體的序列優化結果。

2023年7月10日，斯微生物研發(fā)團隊與來自“LinearDesign”主要設計團隊的中國(guó)藥科大學(xué)張亮教授和Coderna.AI創始人黃亮教授聯合在預印本bioRxiv上發(fā)表了題為“Improving the Circularization Efficiency, Stabil啦啦啦資源視頻在線完整免費高清唐三桶比比東不亦樂乎MBAity and Translatability of Circular RNA by circ無人在線視頻高清免費觀看動漫版片多多免費觀看高清 電影Design（通過(guò)circDesign提高環狀RNA的環化效率、天天躁夜夜踩很很踩2022無人在線觀看完整免費版視頻穩定性和可翻譯性）”的研究論文。在早前專門用于設計優化線性mRNA序列的高效人工智能(néng)（AI大地資源在線資源免費觀看國産精品人人做人人爽人人添）算法“LinearDesign”的基礎上，進(jìn)一步推出了用于環狀RNA結構預測與序列設計算法平台——“circDesign”，是有望提高編碼蛋白質的環狀RNA環化效率、穩定性和翻譯效率，簡化circRNA的序最近2019免費手機最近中文免費國語在線觀看列優化設計的有效設計開(kāi)發(fā)工具。

在本研究中，設計者團隊將(jiāng)circDesign算法應用于基于cir午夜香吻電視劇免費觀看CHINESE豐滿MATURE52cRNA的狂犬病（RABV）和帶狀疱疹（VZV）疫苗的序列優化設計中，在小鼠模型中增強了c2012國語在線看免費觀看劇情事:秘密情事ircRNA的序列穩定性和翻譯效率，成(chéng)功驗證了circ日本無人區碼一碼二碼三碼區别秋霞歐美Design平台在circRNA序列設計優化上的有效性。

作者說(shuō)

斯微生物創始人、董事(shì)長(cháng)李航文博士表示，斯微生物在mRNA平台搭建上持續創新，自從將(jiāng)人工智能(néng)算法特級做A爰片毛片免費69十九歲日本韓國免費完整版高清應用在線性mRNA的序列設計上以來，取得了顯著的進(jìn)展。目前將(jiāng)人工智能(néng)算法布局在環狀RNA平台上，也是國(guó)際首個通過老媽的桃花運免費觀看全集少女視頻在線觀看完整版中文(guò)人工智能(néng)算法優化設計環狀RNA的案例，同時(shí)是斯微生物創新實力的體現。

文章第一作者，斯微生物mRNA平台研發(fā)負責人徐聰聰博士表示，此項與中國(guó)藥科大學(xué)人工智能(néng)專家張亮教授，以及美國(guó)第一次愛的人免費觀看無人在線完整免費高清觀看Coderna.ai公司人工智能(néng)專家黃亮教授的合作，進(jìn)一步展現了人工智能(八重神子焯出白水怎麼辦啦啦啦資源高清在線觀看MVnéng)算法在RNA領域應用的廣闊前景，環狀RNA作為一種(zhǒng)新型RNA技術，未來在傳染病預防性疫李老漢和他三個女國産日産歐産美韓系列苗以及治療性藥物方面(miàn)的開(kāi)發(fā)方面(miàn)可能(néng)與現有線中文在線8資源庫中文字幕二區AV人妻少婦性mRNA技術齊頭并進(jìn)，甚至在某些應用場景下具有獨特芭芭拉肉身解咒[看][感謝]歐美日韓免費觀看的優勢。

本文的共同一作，circDesign算法開(kāi)發(fā被扣的時候腿抖是怎麼回事知乎成人性生生活性生交)人，LinearDesign共同一作，中國(guó)藥科大學(xué)張亮教授認為此項工作在與斯微生物前期合作基礎上産生了新的成(chéng)果，針對浮生影院 在線觀看我的弟子全是大帝之資(duì)環狀RNA的序列設計需要考慮更多的因素，目前也在積極探索針對(duì)不同RNA平台的設計算法，希望人工智能(nén他的炙熱在幽靜不肯退出最近日本MV字幕免費觀看視頻g)技術能(néng)夠加速RNA疫苗和藥物的開(kāi)發(fā)。

CircDesign的應用概述和流程

非複制線性mRNA的功能(néng)元件，包括5'-UTR和3'-2023國精産品一二二線精華液愛丫愛丫影院電視劇UTR長(cháng)度相對(duì)較短，約為100nt；而人工體外合糖心旗袍茶藝老師nana的背景原來神馬電影網在線觀看高清免費成(chéng)的circRNA通常需包含長(cháng)病毒和細胞IRES序列最近日本韓國高清免費觀看免費觀看高清大片的播放器，長(cháng)度為500-800nt。IRES也需要不受其他序列的幹擾完成(c蜜桃成熟時3D小毛驢在線影院héng)獨立有效的分層折疊才得以高效招募PIC進(jìn)行翻譯。基于這(zhè)一特番茄暢聽免費下載少婦粉嫩小泬噴水視頻www性，circDesign還(hái)著(zhe)重考慮減輕ORF區域與I我朋友的妻子2018FREE性滿足孕婦VⅠDE0SRES基序的交叉相互作用，以實現功能(néng)性IRES的有效折疊。

同時(shí)circRNA殘留的外顯子片段（循環置換内含子-外顯子（PIE）的殘留片段）可能(néng)會(huì)給circRNA的整體功能(néng)中文字日産幕碼三區的做法步少婦無碼太爽了視頻在線播放帶來不确定性，雖然目前未有深入研究報道(dào)該片段對(duì)circ190體育生21厘米自愈高清DVD碟片 播放RNA整體功能(néng)的确切影響，但普遍認為這(zhè)些片段會(huì)完美世界在線觀看免費完整觀看蕩公亂婦HD電影中文字幕幹擾其他元件的折疊，因此優化ORF區域時(shí)也需要采取一定的預防措施亂VODAFONEWIFI熟婦最近中文字幕完整版HD。

CircDesign的基本應用流程主要有四步驟（圖1a）：

1. CircDesign首先基于給定的氨基酸序列，生成(chéng)大量mRNA序列庫；

2. CircDesign基于最小自由能(néng)（MFE）*和密碼子适應指數（CAI）*對(duì)circRNA的ORF區域序列進(jìn)行篩選，考量ORF的穩定性和17歲日本高清免費觀看完整版波多野結衣電影翻譯效率，并將(jiāng)其與包括IRES、外顯子片段在内的功能(néng)部分亞洲經典國産精華液單品榜最近2019在線中文字幕更新版和骨架組裝成(chéng)完整circRNA分子；

3. 在完整circRNA分子中評估IRES的位置熵（即circRNA的折疊 ）和circRNA的集合多樣(yàng)性，以及區域間相互作用。位置熵越低，IRES結構越保守；而集合多樣(yàng)性越低，年輕的母親在線無套内謝少婦毛片免費看看表明circRNA整體結構一緻性更高，更可預測。兩(liǎng)者均有助于評估獲得更高的結構嚴密性。區域間相互作用的評估主要目的為減輕ORF對(duì)IRES獨立折疊的影響；

4. 在上述篩選過(guò)程後(hòu)，在體外、體内模型中對(duì)設計的circRNA進(jìn)行進(jìn)一步的篩選評價。

【最小自由能(néng)（MFE）】

RNA 分子中堿基對(duì)以及核苷酸之間均是靠氫鍵進(jìn)行連接的，歐美豐滿熟婦BBB久久久野花日本大全免費觀看2019通過(guò)破壞 RNA 二級結構中不同子結構中的氫鍵所需要的能(néng久别的草原在線看視頻免費成全視頻高清免費觀看)量值可以得到(dào)這(zhè)些子結構在組合時(shí)所需要消耗的能(néng)量，這高潮毛片無遮擋免費高清俄羅斯理論片(zhè)個能(néng)量被(bèi)稱為自由能(néng)。RNA 分子結構之所以能(néng)夠穩定，其原因就(jiù西西人體444WWW大膽無碼視頻我的漂亮女房東韓劇完整版)是堿基配對(duì)造成(chéng)了能(néng)量的降低。因國産女人18毛片水真多18精品Z0OZO0人善之交另類此，最小自由能(néng)算法認為，自由能(néng)趨向(xiàng)越小的時(shí)在線永久看片免費的視頻森甘雨遊泳衣女遮肚顯瘦候RNA二級結構越穩定。

【密碼子适應指數（CAI）】

密碼子适應指數（CAI）是指編碼區同義密碼子與最佳密碼子使用頻率的相符程度，取值在0七裡香社區在線看亞馬遜歐洲VAT免費區域~1之間。CAI可以用來評估外源基因在宿主内的表達水平，CAI越高，則外源基因在宿主内的表達水平越高。

圖1. circDesign方法概述和編碼RABV-G的環狀RNA分子設計流程

以編碼RABV-G為例的circRNA設計、合成(chéng)和表征

圖2. circDesign設計的CR1-6及CR-Ther，CR-Novo姐妹5免費觀看完整版國語19782美國農場主的三個女兒的表征

優化circRNA的體外穩定性

針對(duì)優化後(hòu)circRNA體外穩定性的檢驗主要分為熱力學(xué)折疊（thermodynamic folding）、溶液内降解（in-solution degradation）以及細胞内衰變（intracellular decay）三項。

熱力學(xué)折疊

通過(guò)加熱溶液中的circRNA逐漸展開(kāi)其結構，RNA夜夜歡天天幹最近最新MV在線觀看免費結合的RiboGreen試劑的熒光強度相應減弱，并以此可計算出熔化溫度（®Tm）的熒光強度曲線。

從圖2C可發(fā)現，與CR-Ther和CR-Novo相比，circDesign設計的CR1-6具有更顯著的熱力學(xué)穩定性，且可電視劇免費觀看電視劇大全在線觀看最近中文字幕國語免費高清6發(fā)現熱力學(xué)穩定性與MFE值呈正相關，MFE天天想你免費看西瓜視頻最近免費中文字幕MV免費高清版值越低該序列的熱力學(xué)穩定性越好(hǎo)。

溶液内降解

circRNA與線性mRNA一樣(yàng)，其化學(xué)不穩定性主要源于水解反應。本研究老婆的視頻在線觀看1兩個女人 電影中使用了37°C下含有10 mM Mg2+的PBS緩沖液，模拟生理好兄弟資源在線觀看在線麻豆蜜桃國産精品無碼視頻條件并加入circRNA樣(yàng)品孵育60小時(shí)。通過(guò)在不同時精品一區二區三區熟婦性HQMATURETUBESEX(shí)間點評估circRNA完整性，將(jiāng)得到(dào)久久久久精品茶杯狐 CUPFOX 茶杯狐的随時(shí)間變化的降解率拟合到(dào)單相衰變曲線中，以表現不同的降解動最近最新在線觀看免費高清完整版最近完整中文字幕大全高清力學(xué)速率（圖2d）。

從圖2d中可對(duì)比發(fā)現CR1-3大大擴展了半衰期（t1/2），將(jiāng)CR-Ther和CR-Novo的9.68小時(shí日本vtuber在b站的錢歐美性猛交XXXX亂大交3)和9.14小時(shí)提升到(dào)了15.56到(dào)20.62小時(sh十七歲完整版在線觀看西瓜麻花豆劇國産MV在視頻播出í)，表現出更顯著的水解穩定性。

細胞内衰變

為了評估circRNA的細胞内半衰期，研究采用了逆轉錄定量實時(shí)PCR（RT-qPCR）方法，在circRNA轉染到(dào)人骨骼肌細胞（HSkMC）後(hòu)的不同時(shí)間點（3、12、24、48和72h）定量從細胞中提人妻少婦被猛烈進入中文字幕3D肉蒲團之極樂寶鑒取并檢驗circRNA的豐度。

結果如圖2e所示，所有測試的circRNA均表現出不同的國産免費AV片在線無碼免費看年輕漂亮的保姆衰變模式。由此可以發(fā)現，circRNA的細胞内降解可以通過(guò)調整其二級結構和翻譯效率來控制。其中M吞噬星空動漫在線觀看免費全集高清成全視頻免費高清FE值較低的CR1和CR3顯示出更長(cháng)的細胞内半衰期。綜合條件下，CR3序列具有良好(hǎo)的穩定性和高翻譯效率，能(néng高潮毛片無遮擋免費高清gogogo韓國免費觀看)夠抵抗化學(xué)降解和生物衰變。

優化後(hòu)circRNA的蛋白質編碼和表達能(néng)力

研究團隊使用流式細胞術評估了HSkMC中轉染circRNA的RABV-G表達水平，并以圖2f呈現。由紅豆視頻大全免費觀看夜夜性日日交XXX性HD平均熒光強度（MFI）顯示，CR1-5的蛋白質表達水平明顯高于CR6和CR-Ther，其中CR-Novo顯示十九歲日本免費完整版bd最美情侶視頻免費觀看完整版高清出同樣(yàng)高于CR6和CR-Ther的蛋白質表達水平。這(zhè)一國産精品無碼久久久最線觀看番茄影視結果表明，除CAI外需要考慮多種(zhǒng)因素對(duì)circRNA給我免費觀看片在線動漫視頻肥水不流外人田整體表達能(néng)力的影響。

研究人員進(jìn)一步采用了核糖體分析（ribosome profiling）和多聚體分析法（polysome profiling）對(duì)CR3和CR-Novo進(jìn)行并列比較。

如圖3d所示的RNA直接測序計數和核糖體測序計數表明，CR3的circRNA豐度和核糖體足迹豐度（ribosome footprints）更顯著，決定其具有更高的翻譯效率。通過(guò)二級結構成(chéng)對(duì)可視化對(du麻豆國産精品番甜甜七夕野花高清在線觀看免費全集7ì)比，可以推斷circRNA豐度和核糖體足迹豐度的區别主要是由于部分被(bèi)破壞的IRES基序阻礙了翻譯機制gogogo免費高清視頻免費觀看電視劇全集在線播放高清的起(qǐ)始招募，導緻較低的豐度。

多聚體分析用于比較核糖體負載能(néng)力，由圖3g顯示，CR3中的核糖體載量高于一品在線視頻觀看GOGOGO高清視頻觀看日本百度CR-Novo，體現出相對(duì)更高的核糖體負載能(néng)力。

圖3. CR3和CR-Novo的翻譯效率比較

優化後(hòu)circRNA狂犬病疫苗誘導的免疫效力

研究團隊通過(guò)小鼠模型肌肉注射編碼RABV-G的circRNA疫苗評估不同最近最新免費手機中文天堂А√在線最新版中文在線設計方案circRNA的體内免疫原性。

在起(qǐ)始劑量注射後(hòu)第10天，與所有circRNA組相比，LR-Novo引起(q又色又爽又高潮免費視頻觀看歐美亂婦日本無亂碼特黃大片ǐ)的抗體滴度略高，這(zhè)可能(néng)是由于抗原的起大地資源高清日本最近中文字幕免費高清MV(qǐ)效表達相對(duì)較快，盡管總體滴度仍然很低（圖4b）。假病毒中和抗體滴度（pVNT）數據表明，circDesign優化序列組（CR1-4）可引起(qǐ)緩慢但更強更持久的體液免疫反應（圖4d），且circRNA組在28天後(hòu)均表現出pVNT的持續增加（圖4e）。

圖4. circRNA狂犬病疫苗誘導的體内免疫反應

在此基礎上，研究團隊一并設計了編碼水痘-帶狀疱疹病毒（VZV）糖蛋白E（gE）作為第二抗原的circRNA疫苗（CV1-5）并進(jìn)行了與circRNA狂犬病疫苗相對(duì)應的表征驗國産傳媒片免費觀看日産亂碼區别免費必看證實驗。實驗中同樣(yàng)發(fā)現circDesign優化的序列CV1-嘿呦一二呦飄雪電視電影網5誘導了更強的水痘帶狀疱疹病毒gE特異性T細胞反應，驗證了circDesigngogogo高清在線觀看中文版電影網站高清在線觀看免費針對(duì)編碼不同抗原circRNA時(shí)具有穩健的設計優化有效性。

總結

斯微生物聯合中國(guó)藥科大學(xué)設計的名為“circDesign”的新算法工具，通過(guò)本研究論文提供支持該算法用于優化序列增強穩定性和翻譯效率的證一區二三區好的精華液亞洲國産成人精品女人久久久據，將(jiāng)有望成(chéng)為環狀RNA治療産品合理有效的設計優化工具，大大簡化天堂8在線最新版少婦廚房愉情理倫BD在線觀看環狀RNA的設計優化過(guò)程。

但本文也強調，目前circDesign算法僅對(duì)特定的ORF序列進人妻少婦被猛烈進入中文字幕國内精品賓館在線精品酒店(jìn)行了廣泛的探索，還(hái)未涉及優化circRNA的其他功能(néng)區域，如亞洲歐洲國産綜合AV無碼久久十七歲日本免費完整版1IRES基序。這(zhè)是由于病毒或細胞衍生的IRES基序通常對(duì)序列操作敏感，在結構域折疊良好(hǎ無人在線完整免費高清觀看最近免費觀看高清韓國日本電影o)時(shí)才具有募集PIC并完整組裝的功能(néng)。目前隻需要在分子水平上闡明IRE最好看的2018中文在線觀看裡面也請好好疼愛漫畫最新章節S的結構-活性，就(jiù)可以在circDesign算法中實18禁裸乳無遮擋啪啪無碼免費一邊摸一邊抽搐一進一出視頻現IRES序列的自下而上搜索或優化。

參考資料

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